¿Por qué algunos genes tienen múltiples vías que controlan la expresión génica? El control de la transcripción es un proceso complejo. La presencia de una molécula puede impedir la transcripción, mientras que la presencia de otra diferente puede estimular la transcripción, pero sólo si la primera molécula no está presente. Son múltiples los factores de la transcripción y las interacciones complejas entre los factores que permiten a los genes responder a una serie de condiciones diferentes. Aquí está un ejemplo hipotético. Una enzima particular es necesaria para descomponer el producto final de una vía metabólica, pero sólo si el producto final no se está utilizando para reaccionar con una toxina ambiental, entonces el gen que produce la enzima será más eficiente si puede responder a la presencia tanto de los productos de desecho como a la toxina.